A ver, hay algunas pequeñas diferencias entre piratas/ jugadores de PvP/ thargoides.
1) Los thargoides ignoran parte de tus resistencias, así que casi te interesan mas cantidades altas de escudos/ casco, que porcentajes de resistencia altos.
2) Los piratas no ignoran estas resistencias, así que funciona mejor llevar un escudo y un casco con unas resistencias buenas al daño (térmico/ cinético/ explosivo).
3) Los jugadores de PvP no ignoran estas resistencias... salvo que te encuentres con una nave meta con plasmas, que entonces, sí, ignoran parte. Es un piedra-papel-tijera.
Como es imposible tenerlo todo, un buen punto intermedio sería
algo así.
Para viajar, sustituye los refuerzos de módulo (que no puedes ingenierizar y que venden en casi todos lados) por el Fuel Scoop y un potenciador de salto guardián, por ejemplo. Cuando llegues a un puerto, haces cambio

Es posible poner un fuel scoop mas grande a cambio de casco, ahí ya depende un poco de ti.
Contra piratas y jugadores, puedes cambiar un Refuerzo de Escudo por un Lanzador de Señuelos (chaff). Ahí es un poco probar con lo que vayas mas cómodo.
Contra thargoides, puedes querer cambiar uno de los Refuezos de Escudo por el Escáner Xeno (para saber cuanta vida tienen). A tu gusto.
La Clipper tiene unos escudos muy bajos de serie, pero los recarga extremadamente rápido y posee una velocidad tan alta, que puedes alejarte del peligro para recuperarte. Al menos contra piratas.
Sobre las armas, los anclajes grandes de la clipper están fatal puestos, en los extremos de las alas tienen la peor convergencia del juego. Mucha gente utiliza armas guiadas (o torretas contra thargoides) por eso.
Y bueno, un par de Refuerzos de Módulo (tamaño 4 y 3 te dan un 85% de reducción) y todo lo que puedas de Refuerzos de Casco. Los thargoides ignoran parcialmente tus escudos, así que tener un casco alto es vital. Opcionalmente, puedes utilizar Blindaje Militar con la mejora de "Heavy Duty" en lugar de Blindaje Reactivo con la mejora de Resistencia Térmica. Funcionará mejor contra thargoides porque tendrás mucho mas casco (y será mucho mas barato), pero algo peor contra piratas y otros jugadores (al tener resistencias mas bajas). Aunque realmente contra piratas también deberías ir bastante bien con el militar, la IA es un tanto limitada.
Complementos extra: contra thargoides lleva los drones descontaminantes si quieres evitar algunos momentos de pánico, contra piratas puedes llevar un interdictor o mas refuerzos de casco.
Nota: si no quieres una build de PvP, tal vez habría que mover el post a la sección general, no me ha quedado claro ese punto.